市扶贫办内设4个职能机构、一个扶贫基金会和一个扶贫开发中心：
    （一）人事秘书科
    协助办领导处理机关日常工作，协调机关政务工作；负责调研、综合、文件起草、会议组织、文秘档案、机关财务等工作；负责机关的人事、劳资、机构编制和后勤服务等工作。

    （二）项目管理科（世行项目科）
    负责扶贫项目的综合协调管理工作；会同有关部门进行扶贫项目的规划、论证、筛选、立项、审批、检查、监督、验收等工作；负责移民扶贫开发规划的制定；负责世行贷款扶贫项目的组织、协调、督查等项工作。

    （三）社会扶贫科
    研究制定社会扶贫开发工作规划和对口帮扶计划并组织实施；负责社会扶贫的组织管理工作，协调配合有关部门搞好与扶贫开发相结合的工作；负责扶贫开发宣传、信息工作；组织扶贫捐赠和国内、国际有关扶贫交流与合作工作。

    （四）规划审计科
    负责制订全市扶贫开发规划与年度计划；组织贫困状况的监测与统计；负责扶贫资金和物资的分配计划；制订各类扶贫资金管理办法；会同有关部门对扶贫专项资金的使用管理进行审计监督。

    （五）扶贫基金会
    依照《中华人民共和国公益事业捐赠法》，接受国内外关心、支持鄂尔多斯扶贫事业的政府、组织、团体、企业和个人提供的资金、物资捐赠及技术援助；通过多重渠道，募集扶贫资金、物资，按照合法、安全、有效的原则，实现基金的保值增值；资助扶持贫困地区的基础设施建设，改善贫困家庭的生产生活条件；促进鄂尔多斯贫困地区与经济发达地区的联系与交流，为贫困地区开发引进技术与人才；为一切关怀、支持鄂尔多斯扶贫事业的海内外政府、组织、团体、企、事业和个人开展消除贫困等公益活动，提供优良的咨询、代管和服务。

    （六）扶贫开发中心
    协助开展扶贫开发项目的有关技术性、辅助性、服务性工作，协助扶贫基金会工作，支持鄂尔多斯市扶贫事业发展。